こんにちは。
ソース物理マシンは、FCやSASなどで接続された外部ストレージを使用していて、
オンライン（サービスは停止するとしても、LinuxOSは起動したまま）
でコンバートすると勝手に想像して回答しています。
Converterのバージョンや細かい環境差異を抜きにして考えると、
外部ストレージだということが原因となって無条件で
「③P2V自体に失敗する。」ということはありません。
そのため、基本的には
「①外部ストレージ上のデータも問題なく、仮想マシン上に移行できる。」
です。
ただ、何らかの理由により
うまくコンバートできない（処理途中で失敗するなど）場合は、
ローカルディスクだけをコンバート対象とすることも可能です。
もし、もっと詳しいヒントが必要であれば、
外部ストレージの情報（接続の仕方やフォーマットなど）があった方がよいかもしれません。
たとえば・・・
・サーバとの接続方法：
FC/iSCSIなのか？、それともNFSなのか など
・フォーマット：
ファイルシステム（ext3など）を作成してつかっている。
DBなどのRAWデバイスとして使用している。 など
以上です。
参考になりますでしょうか。