こんにちは。
VMware Server（過去の製品です）ではなく、vSphere5(ESXi, vCenter）の環境でのパフォーマンス監視ということでよろしいでしょうか？
どこのメトリックを監視したらよいということは、まじめにご説明するとコミュニティの掲示板のスレッドがいくつあっても足りませんので、下記リンクのドキュメントをご参考にされてみてはいかがでしょうか？
vSphere の監視およびパフォーマンス
Performance Bestpractice
http://www.vmware.com/pdf/Perf_Best_Practices_vSphere5.0.pdf
たとえば、CPU readyとかメモリのバルーニングといった仮想基盤ならではのメトリックもあります。
やりたいことと環境にあわせていただくのが一番だとは思いますが、どんな場合にでも仮想基盤特有の考え方（ゲストマシン、ホストマシンそれぞれにおけるリソースの受け取り方）を考慮する必要があります。