А как вы снапшот удаляли? Просто, если удалять через менеджер снапшотов, то и дельта-файл на хранилище должен был удалиться. А у вас он остался...
Если всё же остался правильный дельта-файл, но вы уже работали с овновным диском (от которого дельта) и что-то там поменяли. то сами понимаете, дельта эта уже не особо актуальна.
Если дельта -файл осталься и очень хочется его прикрутить, то надо ручками менять файл описания снапшотов VMSD, где хрнится структура иерархии снапшотов и до кучи в VMX файле вместо текущего VMDK исходного диска указать VMDK дельты.
Типа того. Последний пункт можно сделать следующим образом:
1. Перемещаем куда-нить текущую дельту с именем ххххх-00001-delta.VMDK
2. Делаем снапшот диска у выключенной машины, чтобы появился новый пустой ххххх-00001-delta.VMDK
3. Возвращаем обратно старый ххххх-00001-delta.VMDK и кладем его вместо нового.
Но ИМХО, файл исходника у вас уже поменялся и данные в итоге будут местами кривые.