nel caso di datastore nfs su vmware -che e' quello che conosco- usare la deduplica è molto semplice: basta attivarla e fa tutto da sola. Detto in modo brutale, vede i blocchi identici duplicati e ne tiene una sola copia. L'unica controindicazione che vedo puo' essere che il processo di deduplica, quando parte (parte in modo automatico, manuale o programmato), occupa un po' di CPU della macchina e questo potrebbe essere un problema solo nel caso che la macchina sia sempre "a tappo".
Se xen supporta i datastore nfs probabilmente non cambia nulla rispetto al caso precedente.
Credo si possa usare la deduplica anche con i datastore VMFS (iSCSI o FCP), pero' non li ho mai utilizzati su NetApp quindi non mi sbilancio 